6.5 Identifizierung

Mykobakterien werden in der Regel molekularbiologisch identifiziert. Stämme aus dem M. tuberculosis-Komplex werden mittels spezifischer Gensonden und next generation sequencing (NGS) weiter differenziert. Bei nicht-tuberkulösen Mykobakterien (NTM) wird eine DNA-Sequenzanalyse durchgeführt (z.B. 16S rRNA-Gen, rpoB, hsp 65). Während die neusten NGS-Techniken in unserem Labor vorhanden sind, wird die klassische Sanger-Sequenzierung im Unterauftrag durch die Firma Microsynth AG, 9436 Balgach, Schweiz, durchgeführt. Die Analyse und Interpretation der Sequenzierungsdaten erfolgt an unserem Institut. 

Bei eingesandten, bereits identifizierten Kulturisolaten überprüfen wir die Identifikation, falls dies für die Interpretation der Empfindlichkeitsprüfung notwendig ist.

Referenzen:
Two-laboratory collaborative study on identification of mycobacteria: molecular versus phenotypic methods.
Springer B, Stockman L, Teschner K, Roberts GD, Böttger EC (1996)
J Clin Microbiol. 34:296-303

Genotypic identification of mycobacteria by nucleic acid sequence determination: report of a 2-year experience in a clinical laboratory.
Kirschner P, Springer B, Vogel U, Meier A, Wrede A, Kiekenbeck M, Bange FC, Böttger EC (1993)
J Clin Microbiol 31:2882-89

Differentiation of Mycobacterium species by direct sequencing of amplified DNA.
Rogall T, Flohr T, Böttger EC (1990)
J Gen Microbiol. 136:1915-20