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Die Dozenten des IMM veranstalten Vorlesungen und Kurse für Studenten der Medizin und der Zahnmedizin, hauptsächlich im 3. Studienjahr. Inhalt sind die Medizinische Mikrobiologie und die Epidemiologie von Infektionskrankheiten. Studenten der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät der Universität wird ein Praktikum zu medizinisch-diagnostischen Aspekten auf dem Gebiet der Medizinischen Mikrobiologie angeboten. Das IMM beteiligt sich an Vorlesungen und Praktikum (Medizinische Mikrobiologie/Veterinärbakteriologie) für Studenten des Fachstudiums Mikrobiologie (Uni/ETH) .
Eine wichtige Ausbildungsfunktion betrifft die Betreuung und Leitung von Diplomarbeiten und Dissertationen der Universität Zürich sowie der ETH Zürich.
Die Lehrkräfte des IMM sind in die Fortbildung der Medizinischen Fakultät eingebunden. Für Ärzte, Mikrobiologen und Labor-Fachpersonal werden Fortbildungsveranstaltungen und Weiterbildungskurse durchgeführt, die über die neuesten Entwicklungen auf dem Gebiet der Medizinischen Mikrobiologie informieren.
Das Institut beteiligt sich an der Ausbildung von labormedizinischen Analytikern.