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PD Dr. Helena Seth-Smith hat erfolgreich einen SNF-Projektbeitrag eingeworben. Für die nächsten vier Jahre wird sich ihre Forschungsarbeit auf „Genomics of Difficult to Culture Bacterial Pathogens using Enrichment (GENrich)“ fokussieren.
Im Rahmen des Projekts werden neue DNA-Target-Anreicherungstests für sexuell übertragbare (STI) und atypische Krankheitserreger der Atemwege entwickelt und validiert, mit Schwerpunkt auf schwierigen und nicht kultivierbaren Bakterien. Diese Arbeit baut auf einer Pilotstudie auf, die eine hohe Empfindlichkeit und Genom-Vollständigkeit für STI-Erreger gezeigt hat. Die genomischen Daten werden Informationen über Stammdiversität, Übertragungsmuster, Antibiotikaresistenz und globale Ausbreitung liefern, wobei ein besonderer Schwerpunkt auf einer neuen Chlamydia trachomatis LGV-Linie liegt.
Dr. Pauline Göller und Dr. Oliver Nolte haben eine Projektförderung in Höhe von 95‘016 Fr in einem Eureka-Projekt (Eurostars und Innosuisse) erhalten. Das Projekt befasst sich mit der Entwicklung eines „smarten order/entry-Systems“. Die Anforderung diagnostischer Tests durch Kliniker:Innen soll intelligent und mittels KI-Unterstützung begleitet werden, um Über- sowie Unterdiagnostik zu vermeiden. Gleichzeitig soll erreicht werden, dass Laboraufträge alle relevanten Daten zu einem Fall enthalten, um im Labor eine optimale Interpretation des mikrobiologischen Resultats zu ermöglichen. Geführt wird das iMiBiA genannte Projekt durch die deutsche Firma Medicalvalues. Partner sind neben dem IMM die Peak Spirit GmbH und das USZ (Infektiologie, Prof. Brugger) aus der Schweiz sowie das Schwarzwald-Baar-Klinikum in Deutschland. Die Laufzeit des Projekts beträgt 36 Monate.
Cystische Fibrose Switzerland (CFS) unterstützt ein weiteres Forschungsprojekt der Gruppe von Prof. Peter Sander. Während viele Forschungsprojekte die Mechanismen der erworbenen Antibiotikaresistenz untersuchen, geht es in dem neuen Projekt „Mycobacterium abscessus complex acquired drug-susceptibility offers tailor-made/patient-centered treatment options“ um die Identifizierung von Mutationen in Antibiotikaresistenzgenen, die einen Funktionsverlust hervorrufen und die multi-resistenten Erreger des Mycobacterium abscessus Complex damit empfindlich gegenüber spezifischen Antibiotika machen. Ein Paradebeispiel für genetisch bedeutsame Unterschiede innerhalb des M. abscessus Complex ist die Funktionalität des Macrolidresistenzgens (erm(41)).
Aufgrund der partiellen Deletion des erm(41)-Gens in einer der drei Subspezies des M. abscessus Complex (Mycobacterium abscessus subsp. massiliense) sind diese Bakterien im Gegensatz zu den beiden anderen Subspezies (Mycobacterium abscessus subsp. abscessus und Mycobacterium abscessus subsp. bollettii) empfindlich gegenüber den Makroliden Clarithromycin und Azithromycin. Die unterschiedliche Empfindlichkeit gegenüber Makrolidantibiotika ist klinisch relevant und spiegelt sich in deutlich besseren Therapieerfolgen bei der Infektion mit M. abscessus subsp. massiliense wieder. Im Rahmen des Projektes wird nach weiteren subspecies- bzw. stammspezifischen Unterschieden in der Antibiotikaempfindlichkeit gesucht. Das Projekt baut auf eigenen Untersuchungen zu den natürlichen/intrinsischen Resistenzmechanismen des M. abscessus Complex (Amikacin, Streptomycin, Rifampicin, Ampicillin, Spectinomycin) und der Entwicklung neuartiger Antibiotika (Spectinomycinderivate, Phenicole) gegen diesen „antibiotischen Albtraum“ auf.
Prof. Adrian Egli und Prof. Katharina Timper haben eine Projektförderung in Höhe von 90’000 Franken von der Bangerter Rhyner Stiftung erhalten. In einer prospektiven Studie untersuchen sie den Einfluss des Mikrobioms auf die Wirkung von GLP-1-Rezeptoragonisten, einem Wirkstoff zur Gewichtsreduktion. Ziel ist es, Zusammenhänge zwischen der individuellen Zusammensetzung des Darmmikrobioms und dem Therapieerfolg sowie dem Auftreten von Nebenwirkungen aufzudecken.
Wir gratulieren allen herzlich zu den erfolgreichen Eingaben.
Successful 2nd Edition of the “Bacterial Genome Sequencing Pan-European Network Conference” in Engelberg, Switzerland
From March 13th to 16th, 2025, leading scientists, medical microbiologists, and molecular biologists, and promising PhD students convened in Engelberg, Switzerland, for the 2nd edition of the “Bacterial Genome Sequencing Pan-European Network Conference”. Following the remarkable success of its inaugural event, this conference brought together international experts to discuss pivotal topics around Pathogen Genome Sequencing, its clinical and public health applications in molecular epidemiology and pathogen surveillance, and strategies to implement and enhance efficiency studies within hospitals and national healthcare systems.
The conference featured in-depth discussions and lectures on subjects such as surveillance strategies, antimicrobial resistance, long-read sequencing, advanced analytics including machine learning, and the translation of sequencing data into actionable public health policies. A focal point was the identification and implementation of essential quality control measures and standardization processes necessary for the routine implementation of genomic sequencing into clinical diagnostics and epidemiological surveillance.
Eight PhD students from across Europe presented their cutting-edge research, providing insights into novel approaches such as the genomic characterization of infectious agents, metagenomics, outbreak detection algorithms, and exploring the genomic plasticity of pathogens.
Organized jointly by the University of Zurich (Switzerland), Genomic Medicine Sweden & Örebro University Hospital (Sweden), Research Center Borstel, Leibniz Lung Center (Germany), Akershus University Hospital (Norway), and the University of St. Andrews (UK), the event fostered interdisciplinary collaboration and active discussion among participants.
Given the successful discussions and positive feedback from attendees, planning is already underway for the third edition of the conference, aiming to build upon the achievements of the first two meetings. The organizers intend to establish this event as an annual tradition, eventually evolving into a dedicated Winter School focusing on bacterial genomic sequencing.
For more information and future updates, please contact the conference committee:
Prof. Adrian Egli (Zurich, Switzerland); aegli@imm.uzh.ch
Assoc. Prof. Paula Mölling (Örebro, Sweden); paula.molling@regionorebrolan.se
Prof. Stefan Niemann (Borstel, Germany); sniemann@fz-borstel.de
Prof. Deborah Williamson (St. Andrews, UK); deborah.williamson@unimelb.edu.au
Assoc. Prof. Hege Vangstein Aamot (Lørenskog, Norway); Hege.Vangstein.Aamot@ahus.no
Prof. Peter Sander hat erfolgreich einen Grant bei der Stiftung Cystische Fibrose Schweiz (CFS) eingeworben.
Die Erreger des Mycobacterium abscessus Komplex gelten aufgrund ihrer hochgradigen antimikrobiellen Resistenzen als „Antibiotischer Albtraum“. Im Rahmen des Forschungsprojekts „Mycobacterium abscessus complex acquired drug-susceptibility offers tailor-made/patient-centered treatment options“ geht es darum aussergewöhnliche Schwachstellen in dem Resistenzarsenal einzelner Stämme zu entdecken und daraus zielgerichtete Therapiemöglichkeiten abzuleiten.
Wir gratulieren herzlich zu der erfolgreichen Eingabe.
Frau Anna Simona Rieder hat für ihre Masterarbeit mit dem Titel „Antibiotikaresistenz – Entwicklung eines browserbasierten E-Learning-Tools für Schüler:innen der Sekundarstufe“ einen Grant in Höhe von CHF 10'000 erhalten. Antibiotikaresistenzen sind eine der grössten globalen Gesundheitsbedrohungen und verursachen bereits heute jährlich über eine Million Todesfälle. Frau Rieders interaktives E-Learning-Tool vermittelt Jugendlichen auf altersgerechte Weise fundiertes Wissen über diese schleichende Pandemie und zeigt ihnen konkrete Strategien zur Prävention und Bewältigung auf.
Wir gratulieren herzlich zu dieser erfolgreichen Eingabe.
Wir gratulieren herzlichst Frau PD Dr. Helena Seth-Smith zur erfolgreichen Habilitierung an der Universität Zürich. Frau PD Dr. Seth-Smith ist eine Expertin im Bereich der bakteriellen Genomik. Sie hat ihr Fachwissen in etlichen international anerkannten Fachzeitschriften gezeigt und leitet gemeinsam mit Dr. Tim Roloff die Abteilung «Microbial Genomics».»
