5.8 Identifizierung

Zur Identifizierung der meisten Bakterien stellt die partielle Sequenzierung des 16S-rRNA-Gens die derzeit leistungsfähigste Methode dar. Eng verwandte Spezies, wie z. B. der Streptococcus mitis Gruppe oder des Burkholderia cepacia Komplexes, können mit dieser Methode nur ungenügend voneinander abgegrenzt werden. In diesen Fällen werden zur Identifizierung andere Genom-Abschnitte (z. B. recA-Gen) sequenziert. Neben öffentlichen Datenbanken kommt am IMM primär die Smart-Gene-Datenbank (Smart-Gene, Zug, Schweiz) zum Einsatz, bei welcher die eigenen, am IMM erstellten Sequenzdatenbanken ebenfalls berücksichtigt werden.

Zur Identifizierung von Pilzen wird die Internal Transcribed Spacer (ITS) Region sequenziert.

Referenzen:
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Systematic internal transcribed spacer sequence analysis for identification of clinical mould isolates in diagnostic mycology: a five-year study.
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Internal transcribed spacer sequencing versus biochemical profiling for identification of medically important yeasts.
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Ribosomal DNA sequencing for identification of aerobic gram-positive rods in the clinical laboratory (an 18-month evaluation).
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