7.6 Typisierung

Für die Typisierung von Isolaten anhand der sequenzierten Genomdaten wird die Software Ridom SeqSphere+ verwendet. Bioinformatisch werden so Sequenztypen mittels Multi-Locus Sequence Typing (MLST) ermittelt und eine core-genome MLST (cgMLST) unter Verwendung der Schemata von cgmlst.org durchgeführt. Diese Analyse erlaubt es Isolate hochauflösend miteinander zu vergleichen und Verwandtschaftsgrade zu bestimmen. Spezies-spezifisch können Cluster von Isolaten detektiert werden, welche auf eine Übertragung oder auf einen Ausbruch hinweisen. Für die Typisierung ist es wichtig, dass zusammen mit dem Isolat auch das Isolationsdatum und ggfs. andere epidemiologisch relevante Daten übermittelt werden.

Für Übertragungsanalysen, bei welchen die höchste Auflösung benötigt wird, werden mit der Software CLC Genomics Workbench zusätzlich sämtliche Punktmutationen (SNP) in relevanten Genomen verglichen.

Referenzen:

Burkholderia cenocepacia ST-250 in cystic fibrosis patients in Switzerland: Genomic investigation of transmission routes.
Zbinden A, Seth-Smith HMB, Beltrami V, Mancini S, Droz S, Bürgi U, Melillo D, Schuurmans MM, Schwizer B, Schmid I, Casaulta C, Barben J, Mueller NJ, Imkamp F. (2024)
Diagn Microbiol Infect Dis.110(2):116429 (https://doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2024.116429)

Colonization with resistant bacteria in hospital employees: an epidemiological surveillance and typing study.
Badinski T, Seiffert SN, Grässli F, Babouee Flury B, Besold U, Betschon E, Biggel M, Brucher A, Cusini A, Dörr T, Egli A, Goppel S, Güsewell S, Keller J, von Kietzell M, Möller JC, Nolte O, Ortner M, Roloff T, Ruetti M, Schlegel M, Seth-Smith HMB, Stephan R, Stocker R, Vuichard-Gysin D, Willi B, Kuster SP, Kahlert CR, Kohler P; SURPRISE Study Group (2024)
Antimicrob Agents Chemother. 26:e0098524. (https://doi.org/10.1128/aac.00985-24)

Regional spread of an atypical ESBL-producing Escherichia coli ST131H89 clone among different human and environmental reservoirs in Western Switzerland.
Martischang R, Seth-Smith H, Verschuuren TD, Héquet D, Gaïa N, François P, Fluit AC, Kluytmans JAJW, Seiffert SN, Tacconelli E, Cherkaoui A, Harbarth S, Egli A, Kohler P (2024)
Antimicrob Agents Chemother. 68(2):e0092523. (https://doi.org/10.1128/aac.00925-23)