7.5 Identifizierung

Für die Identifizierung der Spezies werden verschiedene Algorithmen parallel verwendet (z.B. GTDB-tk, Metaphlan4, 16S blastn und rMLST blastn). Genome, welche mit diesen Methoden nicht eindeutig zugeordnet werden können, werden zusätzlich mit der TYGS Datenbank analysiert. So können auch neue Spezies bestimmt und eingeordnet werden.

Referenzen:
Discovery and Characterization of Mycobacterium basiliense sp. nov., a Nontuberculous Mycobacterium Isolated From Human Lungs.
Seth-Smith HMB, Imkamp F., Tagini F., Cuönod A, Hömke R, Jahn K, Tschacher A, Grendelmeier P, Bättig V, Erb S, Reinhard M, Rütimann G, Borrell S, Gagneux S, Casanova C, Droz S, Osthof M, Tamm M, Nübel U, Greub G, Keller PM, Egli A(2019)
Front Microbiol. 9: 30184
 

Diagnostic challenges within the Bacillus cereus-group: finding the beast without teeth.
Muigg V, Cuénod A, Purushothaman S, Siegemund M, Wittwer M, Pflüger V, Schmidt KM, Weisser M, Ritz N, Widmer A, Goldenberger D, Hinic V, Roloff T, Søgaard KK, Egli A, Seth-Smith HMB (2022)
New Microb New Infect. 49-50:101040
 

Novel Organism Verification and Analysis (NOVA) study: identification of 35 clinical isolates representing potentially novel bacterial taxa using a pipeline based on whole genome sequencing.
Muigg V, Seth-Smith HMB, Adam K-M, Weisser M, Hinić V, Blaich A, Roloff T, Heininger U, Schmid H, Kohler M, Graf L, Winterflood DM, Schlaepfer P, Goldenberger D (2024)
BMC Microbiol 24:14 (https://doi.org/10.1186/s12866-023-03163-7)