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Institut für Medizinische Mikrobiologie

7.4 Resistenzgenbestimmung

Der Nachweis von Genen oder Mutationen, die mit einer phänotypischen Resistenz assoziiert sind, wird mittels einer validierten bioinformatischen Analyse durchgeführt. Hierbei wird sowohl das Vorhandensein und die Integrität der Gene bestimmt sowie eventuell vorhandene Mutationen in den Resistenzgenen analysiert. Weiterführende Analysen können ausserhalb des akkreditierten Bereichs durchgeführt werden (z.B. Porin Verlust in Pseudomonas aeruginosa mit der Software PorinPredict).

Referenzen:
Comparison of Disk Diffusion, E-Test, and Broth Microdilution Methods for Testing In Vitro Activity of Cefiderocol in Acinetobacter baumannii.
Kolesnik-Goldmann N, Seth-Smith HMB, Haldimann K, Imkamp F, Roloff T, Zbinden R, Hobbie SN, Egli A, Mancini S. (2023)
Antibiotics (Basel). 12(7):1212. (https://doi.org/10.3390/antibiotics12071212)

Evaluation of the RESIST ACINETO multiplex immunochromatographic assay for detection of OXA-23-like, OXA-40/58-like and NDM carbapenemase production in Acinetobacter baumannii.
Mancini S, Seth-Smith HMB, Kolesnik-Goldmann N, Hinic V, Roloff T, Imkamp F, Egli A. (2023)
J Antimicrob Chemother. 78(11):2771-2774. (https://doi.org/10.1093/jac/dkad253)

Rapid detection of plasmid-mediated AmpC-producers by eazyplex® SuperBug AmpC assay compared to whole-genome sequencing.
Hinić V, Seth-Smith HMB, Stammler S, Egli A (2024 )
J Microbiol Methods 221:106938. (https://doi.org/10.1016/j.mimet.2024.106938)

Colonization with resistant bacteria in hospital employees: an epidemiological surveillance and typing study.
Badinski T, Seiffert SN, Grässli F, Babouee Flury B, Besold U, Betschon E, Biggel M, Brucher A, Cusini A, Dörr T, Egli A, Goppel S, Güsewell S, Keller J, von Kietzell M, Möller JC, Nolte O, Ortner M, Roloff T, Ruetti M, Schlegel M, Seth-Smith HMB, Stephan R, Stocker R, Vuichard-Gysin D, Willi B, Kuster SP, Kahlert CR, Kohler P; SURPRISE Study Group (2024)
Antimicrob Agents Chemother. 26:e0098524. (https://doi.org/10.1128/aac.00985-24)

Regional spread of an atypical ESBL-producing Escherichia coli ST131H89 clone among different human and environmental reservoirs in Western Switzerland.
Martischang R, Seth-Smith H, Verschuuren TD, Héquet D, Gaïa N, François P, Fluit AC, Kluytmans JAJW, Seiffert SN, Tacconelli E, Cherkaoui A, Harbarth S, Egli A, Kohler P (2024)
Antimicrob Agents Chemother. 68(2):e0092523. (https://doi.org/10.1128/aac.00925-23)

PorinPredict: In Silico Identification of OprD Loss from WGS Data for Improved Genotype-Phenotype Predictions of P. aeruginosa Carbapenem Resistance.
Biggel M, Johler S, Roloff T, Tschudin-Sutter S, Bassetti S, Siegemund M, Egli A, Stephan R, Seth-Smith HMB(2023)
Microbiol Spectrum 11(2):e0358822 (https://doi.org/10.1128/spectrum.03588-22)