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Next-Generation Sequencing (NGS), ermöglicht die Sequenzierung mikrobieller Genome. Die Sequenzierung eines kompletten Genoms wird auch als Whole Genome Sequencing (WGS) bezeichnet. Anhand der so generierten Genomdaten kann die Spezies-Zuordnung gemacht werden (auch für bislang unbekannte bzw. nicht beschriebene Taxa), es können Verwandtschaftsgrade von Keimen (z.B. für Ausbruchsuntersuchungen) sowie das Vorhandensein von Resistenzgenen und Virulenzfaktoren analysiert werden.
Das IMM nimmt beim WGS von Bakterien und Pilzen eine Vorreiter Rolle in der Schweiz ein: 1) neben einer hochmodernen Laborausstattung, welche qualitativ hochstehende und effiziente Sequenzierungen ermöglicht verfügen wir über eine nach strengen Kriterien validierte Pipeline, die höchste Reproduzierbarkeit und Sequenzierungen nach ISO-Akkreditierung erlaubt, 2) dies basiert auf langjähriger Erfahrung bei der Analyse von Genomdaten, sowie 3) einer Sammlung von über 20’000 Genomen, welche für Vergleichsanalysen eingesetzt werden können.
Durchführung genomischer Untersuchungen:
| Erreger / Analyse | Durchführung | Resultat verfügbar |
|---|---|---|
| Bakterien; Typisierung des Kerngenoms | Mo-Fr | 5-7 Arbeitstage |
| Resistenzgenbestimmung | Mo-Fr | 5-7 Arbeitstage |
| Pilze; SNP Typisierung *Nicht akkreditiert* |
Mo-Fr | 7-14 Arbeistage |
| Bakterielle Spezies Identifikation *Nicht akkreditiert* |
Mo-Fr | 5-7 Arbeitstage |
Referenzen:
The Swiss Pathogen Surveillance Platform - towards a nation-wide One Health data exchange platform for bacterial, viral and fungal genomics and associated metadata.
Neves A, Walther D, Martin-Campos T, Barbie V, Bertelli C, Blanc D, Bouchet G, Erard F, Greub G, Hirsch HH, Huber M, Kaiser L, Leib SL, Leuzinger K, Lazarevic V, Mäusezahl M, Molina J, Neher RA, Perreten V, Ramette A, Roloff T, Schrenzel J, Seth-Smith HMB, Stephan R, Terumalai D, Wegner F, Egli A (2023)
Microb Genom 9(5):mgen001001. (https://doi.org/10.1099/mgen.0.001001)
